De Surinaams-Nederlandse Milano Koenders begon zijn loopbaan in de jeugd bij de Amsterdamse amateurvereniging SDZ. Daar werd hij al na één seizoen gescout door Ajax, waar hij vervolgens in elf jaar tijd de gehele opleiding doorliep, en in het tweede terecht kwam.

Na een seizoen te hebben gespeeld bij de beloften van Ajax, ging de verdediger in op een tweejarig aanbod van RKC Waalwijk. Bij die club maakte hij op 15 september 2006 zijn debuut in de Eredivisie, tegen ADO Den Haag. Op 14 november van dat jaar maakt Koenders tevens zijn debuut voor Jong Oranje in de wedstrijd tegen Jong Engeland.

Hoewel het RKC in sportief opzicht niet bepaald voor de wind ging in die periode, maakte Koenders wel een goed seizoen door. Hij verdiende zelfs een overstap naar AZ, waar hij een 5-jarig contract tekende.

Helaas kende zijn periode bij AZ veel ups en downs, waarna Koenders besloot ermee in te stemmen om verhuurd te worden aan NEC. In Nijmegen maakte hij een persoonlijk hoogtepunt mee, namelijk zijn eerste doelpunt in de Eredivisie. In de blessuretijd scoorde hij met een fraaie kopbal de winnende goal (1-0) tegen Feyenoord.

In de zomer van 2009 keert Koenders weer terug naar AZ, maar kan daar onder Ronald Koeman en later Dick Advocaat niet rekenen op speelminuten in de hoofdmacht. Een stageperiode bij KVC Westerlo levert dat seizoen evenmin niets op. Na een half seizoen te hebben gepeeld bij de beloften van AZ, wordt Koenders voor de rest van het seizoen 2009/2010 verhuurd aan Sparta. Ook dat avontuur verloopt niet bepaald vlekkeloos; Sparta degradeert nadat het tijdens het beslissende duel in de nacompetitie diep in de blessuretijd een doelpunt tegen krijgt van stadsgenoot Excelsior. Daarmee eindigt ook direct Koenders’ periode bij de Kasteelclub, en keert hij terug naar AZ.

Daar wordt hij vervolgens opgepikt door NAC. Na een korte stage van 2 dagen raakt de technische staf dermate overtuigd van zijn kwaliteiten, dat op 31 augustus 2010 bekend wordt gemaakt dat hij voor tenminste één jaar gehuurd zal worden van AZ.

In Breda wordt Koenders nooit een speler waarop de trainers ( John Karelse en Gert Aandewiel) blind op varen. Alleen als Csaba Fehér niet speelt staat Koenders in de basis bij NAC als rechtsback. Ook verschijnt hij wel eens in de basis als centrale verdediger of middenvelder. Zijn 24 competitiewedstrijden bestaan vooral uit invalbeurten. Aan het einde van het seizoen roept Koenders dat hij een langer verblijf bij NAC, gezien de financiele situatie, niet ziet zitten. Het lijkt er dan ook op de de wegen van Koenders en NAC gaan scheiden in de zomer van 2011.

Hoe verrassend is dan het nieuws begin juli als bekend wordt dat Koenders opnieuw een contract tekent bij NAC, opnieuw op huurbasis. Koenders die in de zomer van 2012 verlost is van zijn contract bij AZ moet de strijd aangaan met Jens Janse als het gaat om de rechtsbackpositie bij NAC.