Van Gessel startte zijn voetbalcarrière bij SJZ in Zoeterwoude. Sander was 10 jaar toen hij door het werk van zijn vader naar Groningen verhuisde en bij het plaatselijke Be Quick 1887 ging voetballen. Daar ging het hem zo goed af dat hij al snel werd gescout voor het noordelijk jeugdelftal onder de 16 jaar. Naar aanleiding van deze selectie werd de jonge Van Gessel uitgenodigd om, samen met zijn maatje Paul Matthijs, bij de voetbalschool van FC Groningen te gaan trainen. Vervolgens kwamen ze samen bij de B1 van Groningen terecht. Van Gessel doorliep hierna alle jeugdelftallen vrij vlotjes en belandde bij het vlaggenschip van de vereniging.
Na zijn debuut in het betaald voetbal, op 14 april 1996 valt hij tijdens de uitwedstrijd tegen De Graafschap in de 82e minuut in voor Dean Gorré, verliep Van Gessels carrière aanvankelijk zeer voorspoedig. Op 22-jarige leeftijd werd hij zelfs door het Groningen-legioen uitgeroepen tot speler van het jaar. Hetzelfde seizoen stond hij ook op de nominatie voor beste speler van de Totodivisie.
Dit ging niet onopgemerkt voorbij aan SC Heerenveen. In de zomer van 1999 ontstond er links op het Friese middenveld een vacature door het vertrek van Jan de Visser, en Van Gessel werd gezien als zijn opvolger. Na enkele weken van onderhandelingen mocht hij het ook waarmaken. Samen met spits Harris Huizingh zou de Groninger voor een miljoen gulden (ruim 450.000 euro) overkomen naar 't Friese Haagje. Volgens de media was de deal rond.
Maar toen kwam 24 april 1999. In de thuiswedstrijd tegen Top Oss scheurde Van Gessel zijn linker kruisband. Heerenveen trok haar conclusies en alleen Huizingh maakte de overgang. Van Gessel was een volledig seizoen zoet met zijn revalidatie.
Zijn werkgever geloofde in een geslaagde terugkomst: FC Groningen bood Van Gessel meteen na het afketsen van de Friese transfer een nieuw, tweejarig contract. Wel werd daarin een vaste afkoopsom van de verbintenis opgenomen. In de voorbereiding op het seizoen 2000/2001 speelde de middenvelder weer zijn eerste wedstrijden. Hij deed het uitstekend en werd gezien als de nieuwe leider van Groningen. Zover zou het echter niet komen. Riemer van de Velde en Foppe de Haan haalden het talent alsnog voor vier seizoenen naar Friesland.

Van Gessel draafde op in 27 duels, waarvan vier in de Champions League. Maar van beide kanten beviel de verbintenis niet geweldig. Het avontuur in Friesland bracht niet wat hij ervan verwachtte. Na de Intertoto in 2001 liet hij zich verhuren aan zijn oude club. Per 1 januari 2002 stond hij zelfs weer definitief onder contract bij FC Groningen. Na in totaal 164 competitiewedstrijden voor de groen-witten gespeeld te hebben, had hij zin in een nieuw avontuur.
Die uitdaging bracht hem transfervrij naar Breda. Sander heeft niet lang hoeven nadenken om ja te zeggen tegen NAC: `Ik hoorde van andere spelers bij Groningen alleen maar positieve verhalen over NAC. Dan ga je met de club praten en als je dan niets vreemds hoort, is het goed.` Hij tekende vervolgens een vierjarig contract wat hem per 1 juli 2005 aan de Bredase trots verbond.
Vanaf zijn debuut werd hij al snel de kartrekker op het middenveld. Zeer constant spelend werd Van Gessel, na het vertrek van Pierre van Hooijdonk en de blessure van Rob Penders, zelfs even de aanvoerder van het elftal.

Na een aantal seizoenen bij NAC bleek dat Sander van Gessel meer niet speelt dan wel en hij wilde dan ook graag bij een andere club zijn kunsten gaan vertonen. Klagen deed Van Gessel overigens nooit, dus dat maakte hem wel een modelprof en als hij speelde in het eerste, dan stond hij er ook. In de zomer van 2008 kwamen NAC en Van Gessel overeen dat de speler transfervrij mocht vertrekken bij NAC. Sparta meldde zich voor de middenvelder en wist tot een akkoord te komen. Sander van Gessel speelt vanaf seizoen 2008/2009 voor de duur van twee jaar bij de club uit het Rotterdamse Spangen.

Na de degradatie met Sparta vertrok van Gessel naar het Canadese FC Edmonton. Daar groeide hij uit tot de onbetwiste leider van het elftal en een mentor voor de jongelingen. Toen coach Lodeweges vertrok naar het Japanse JEF United was het dan ook een vanzelfsprekendheid dat Sander hem volgde.

Palmares:

• Promotie naar eredivisie: 2000 (FC Groningen)